根据《办法》，市县将建立农业、财政、工商、国税、地税部门组成的联席会议制度，工商部门依法对合作社的生产经营活动进行监管；农业、财政部门依法对承担财政扶持项目的合作社定期检查，不按规定使用财政资金或违规骗取财政资金的列入“黑名单”，今后不再安排扶持项目；税务部门对合作社申报纳税情况定期通报，不按时申报的纳入失信记录，依法处理。
《办法》要求，各级农业部门要加强对本级示范社的动态监测管理，每两年组织监测组对本级示范社进行检测和复评。对复评合格的，给予继续享受示范社资格，不合格的，取消其示范社资格。市县农业、财政、工商、税务、金融等部门加强沟通和工作配合，每年要对合作社规范化管理和运作情况进行检查，对不按要求规范管理和运作的合作社要督促其限期整改；对不规范管理和运作的合作社，列入不规范管理合作社名单，不得参与当地合作社先进评比，不得承担财政资金项目和财政预算投资项目。
《办法》规定，合作社每年至少召开两次成员（代表）大会，并有完整的会议记录，涉及到重大财产处置和重要生产经营活动等事项由成员（代表）大会决议通过，切实做到民主决策。合作社成员都应当出资，从事生产的成员出资总额应当占合作社成员出资总额的50%以上，单个成员（含团体成员）的出资总额最多不得超过出资总额的20%。
合作社要做到“四个统一”。统一农业投入品的采购和供应；统一生产质量标准和技术、培训服务；统一品牌、包装和销售；统一产品和基地的认证认定。
财务管理方面，合作社每年需组织编制年度业务报告、盈余分配方案或亏损处理方案、财务状况说明书，并经过监事会（执行监事）或成员直接审核，在成员（代表）大会召开的15日前置于办公地点供成员查阅，并接受成员质询。合作社每年年底还必须向农业（农经）主管部门报送财务报表和统计报表。
