一个根本目标，即围绕部党组中心工作和“两个千方百计、两个努力确保、两个持续提高”任务，在具有一定规模的固定区域整合科技资源、培训资源和推广资源，通过顶层设计和择优委托的方式，开展科技自主创新、技术集成示范、职业农民培育和成果快速转化工作。
两个驱动战略，即在创新基地建设中，既要充分发挥科技创新的引领作用，又要充分依靠市场驱动的力量，推动创新基地可持续发展。在中央政府主导完成创新基地的统筹规划、资源整合、机制构建和任务明晰的基础上，要充分发挥当地政府和广大农民的主体作用，引入市场驱动机制，通过科技与生产的紧密结合，促进创新基地不断自我完善、科技成果不断转化应用、区域经济不断健康发展。
三大核心功能，即农业科技的集成创新、培训指导和示范推广。要通过建设创新基地，着力实现“发现问题-研究问题-集成应用-解决问题-发现新问题”的螺旋式上升的科技创新路径。要重点依托创新基地深入开展新型职业农民培育工作，着力解决当前创业农民专业知识贫乏、信息渠道不畅、经营管理水平低下等问题。要通过创新基地与龙头企业的无缝对接，实现科技创新成果的快速转化应用。
四项建设内容，即指导每个创新基地根据不同的功能定位和服务需求制定到“十三五”末的建设规划；组建一支由农业科技创新、农技推广、相关企业等人员共同参与的专家团队，对创新基地进行科学规划和日常指导；在继承现有科技成果的基础上集成示范一批技术，切实解决当前农业农村经济发展中急需解决的科技问题；通过市场手段对接一个企业，带动区域产业发展，实现互利共赢。
五大运行机制，即以产业需求为导向、政府择优委托的科研立项机制、以首席专家为创新基地主要负责人的业务指导机制、以“政府+基地+专家（农技员）+企业（规模经营组织）+农民”模式为主的农技推广服务机制、以支撑产业发展、促进农民增收为主要评价指标的绩效管理机制、以政府引导性支持和社会多元化投入相结合的自我发展机制。
