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但是，在农业生产成本不断上升、农业比较效益持续下降、资源环境压力日益趋紧的新形势下，一些补贴政策已经难以适应农业发展的新挑战新要求。如临时收储等价格支持政策，市场扭曲效应日益明显，导致主要农产品国内价格超过国际价格，使今后提价面临“天花板”约束；对部分农产品的补贴已经接近WTO微量允许承诺上限，增加补贴也将遇到黄箱“天花板”限制。还有一些直接补贴措施，没有与农产品生产挂钩，缺乏“谁种补谁”、“多种多补”的导向机制，政策针对性不强，效能趋于弱化，难以真正发挥提高农民种粮务农积极性的作用。
今年中央一号文件要求，要“健全国家对农业的支持保护体系”，“保持农业补贴政策连续性和稳定性，逐步扩大‘绿箱’支持政策实施规模和范围，调整改进‘黄箱’支持政策，充分发挥政策惠农增收效应”，并要求“提高补贴的导向性和效能”。
贯彻落实中央一号文件精神，必须创新补贴方式，改革农业支持政策机制，建立健全既符合我国基本国情农情、又适应国际规则的国家农业支持保护体系。
首先，要坚持市场定价原则，完善农产品价格形成机制。在保护农民利益的前提下，稳妥推动最低收购价、临时收储等政策逐步向农产品目标价格制度转变，减少价格支持政策对市场的扭曲影响，切实发挥市场配置资源的决定性作用，建立形成农产品生产的消费导向、市场引领机制。在总结大豆、棉花目标价格补贴试点经验基础上，适时启动重要农产品目标价格补贴改革。探索建立符合我国农业经营特征的套期保值、价格保险等市场风险管理工具，有效管控农产品市场波动风险。
其次，要改革完善现有补贴措施，建立政策补贴与重要农产品生产挂钩机制，促进提高政策效能与补贴效率。要根据农业经营体系变化的新形势，完善现行补贴措施，建立“谁种补谁”以及“多种多补、不种不补”机制，使政府补贴与农产品种植面积或产量挂钩，促进农民多种粮、种好粮。
第三，创新补贴方式，探索实施新型补贴措施。要以增强政策的针对性和有效性为导向，以补贴重点产品、重要地区和关键环节为核心，以突出解决农业现代化建设中的重点矛盾和关键问题为方向，创新补贴方式、探索实施新型直接补贴措施。主要包括：实施政策性农业灾害强制性保险，鼓励农户全面参保，由政府对保费给予补贴，切实建立农业生产自然风险管控体系；对新型农业经营主体用于农业基础设施建设和固定资产投资的信贷予以支持，给予投资补助和利息补贴；对资源节约、环境友好型农业生产方式给予补贴支持。
第四，加大绿箱政策支持力度，全面提升农业综合服务支持水平。一要探索实施新型绿箱政策措施，建立以种粮收入为保险标的物，通过农业保险方式保障农民种粮基本收益、促进粮食生产发展的“目标收益保险补贴支持制度”。二要加强农业基础设施建设。进一步加大农业综合开发、土地整治等力度，建设旱涝保收高标准农田，全面提升耕地质量和土地产出水平。加快完善主产区利益补偿机制，继续加大对产粮大县的奖励力度，调动主产区生产积极性。三要促进现代农业技术创新、应用与推广。重点支持优质良种培育、新型肥料农药、生产作业机械化等关键环节，推动农业加快转变发展方式，走依靠科技进步、提高单产的内涵式发展道路。加快粮食生产全程机械化进程，推进农机深松整地作业，进一步发挥农机在科技兴农中的载体作用。四要加强农业社会化服务体系建设。鼓励农村金融机构、农产品加工企业、合作经济组织、专业技术协会、专业服务公司、农民经纪人等，为农产品产前产中产后提供综合服务，如生产信贷、农资供应、农机作业、农技指导、市场信息、农产品销售等。五要健全农业资源保护和生态修复机制。加大力度支持退耕还林、退牧还草，实现农业资源开发、利用与保护的协调和统一，建立促进农业可持续发展的体制机制与政策体系。
