6月28日，审计署发布“中国储备粮管理总公司（中储粮）2013年度财务收支审计结果”，由于内部管理不善以及决策失误等原因，中储粮损失超过8亿元，还有超过4亿元的资金面临损失风险。
审计报告显示，2012~2013年，由于中储粮下属河南分公司、漯河直属库等单位管控不到位，存储在承储库点的粮食发生短库、质价不符等问题，造成损失7.85亿元、潜在损失1.89亿元，其中2013年损失4.95亿元。
河南是粮食大省，近年来，中国对小麦、玉米、水稻等粮食作物进行托市收购，收购与存储的粮食数量巨大，业内人士介绍，中储粮直属库仓储能力有限，也无法覆盖粮食产区，不得不与大量的地方粮库合作，由地方粮库代收代储，中储粮负责监管，但是由于点多、线长、面广，监管缺位时有发生。
2010年至2013年，中储粮下属涿州直属库、蓟县直属库等5家单位在与4家粮食企业开展粮食购销合作中监管不力，存储在上述企业的粮食遭盗卖或抵押等，造成1.26亿元购粮款面临损失风险，其中2013年损失480.63万元。
截至2014年5月，中储粮下属大同直属库、介休直属库等3家单位决策失误或管理不善，与其合作开展粮食购销业务的2家企业累计拖欠粮食收购资金1.28亿元，面临损失风险。
其他损失金额较大的还有，截至2014年5月，中储粮下属黑龙江中储粮肇东直属库商品粮玉米购销业务经营不善，亏损4890.78万元。2013年，中储粮下属黑龙江中储粮米业有限公司将商品粮存放在简易仓中，导致粮食出现质量问题，造成损失703.91万元。
2012年至2013年，中储粮下属成都中储粮收储经销有限公司监管失职，造成合作粮油购销企业在收储临时储备油过程中牟取不正当利益279.62万元，其中2013年132.19万元。
2011年至2014年，中储粮下属黑龙江中储粮收储经销有限公司一次性支付3年租仓费539.87万元租赁的仓库长期闲置。
2008年至2013年，中储粮总公司下属林甸直属库等承储企业共发生责任事故6起，造成直接经济损失311.3万元。
综合以上数字，中储粮已经产生的损失超过8亿元，面临损失风险的资金超过4亿元。
对于上述损失，中储粮回应称，已对相关责任人进行问责、追索资金、向公安机关报案等措施进行整改。
中储粮除了承担政策性粮食收储任务外，也从事市场化经营活动，审计署的报告显示，中储粮的市场化业务效果差强人意。
2008~2013年，中储粮总公司先后直接投资和批复下属单位投资成立了40家米面加工企业，运营情况普遍较差。截至2013年底，仅有19家仍在生产经营（其中3家已资不抵债），其余21家已停产、对外租赁或处于闲置状态。
中储粮回应称，自2013年底开始，中储粮总公司在全系统推动米（面）加工企业改革改制和重点加工企业控亏增盈等工作，采取法人化改造、股份制改革、对外租赁、承包经营、低效无效资产处置等手段，确保国有资产保值增值。
近年来，中储粮饱受争议。2013年5~8月，中央巡视组对中储粮进行了巡视。巡视组称，中储粮存在基层腐败案件高发多发、虚报库存、掺杂作假等问题。当年10月，中储粮时任董事长包克辛卸任，原总经理赵双连接替61岁的包克辛任中储粮董事长，而中粮集团副总裁吕军任中储粮总经理。
新领导班子上任后，在内部大力整顿，收缩非主营业务，但是政策性粮油收储规模并未缩减，反而有所扩大。2014年，中储粮全年累计组织完成政策性收购近1.25亿吨，收购量创历史新高。天量的粮食收储，中储粮要解决内部管理不力和缺位的问题，仍然困难重重。
