据调查，在调查的161户中，有32.9%采取口头协定办法流转土地，如果发生纠纷根本没有依据；还有60.9%签订合同存在内容不完整，权责关系不明等问题，导致流转矛盾纠纷增多，给农村社会和谐稳定埋下隐患。
其次，土地流转服务不到位。调查发现，农村经营管理机构不健全，乡镇土地流转管理服务中心建设滞后，加上一些干部对农村土地流转认识模糊，认为流转多少与自己无关，缺少积极主动地服务和规范引导，土地流转处于自流状态。另外，行政干预依然存在。一些地方的领导为了树样板，搞政绩，由政府提出产业发展规划，引入工商企业进行实施，违背农民意愿，强行推动流转。
土地流转过程中不仅存在改变土地用途的现象，而且“非粮化”现象严重。据调查，为了提高收入，流入户中只有16.7%种植粮食，而且流转的土地基本是农户间代耕、务工农民转包、偏远地区低价转入的土地。种植苗木、蔬菜、瓜果、药材等经济作物的占50%，其他为养殖业、休闲观光等产业。调查中还有些单位反映，在城乡接合部繁华区域和铁路、高速路沿线，以土地流转之名在所转包的地里兴建各种性建筑，一些企业在流转土地上建设与农业产业化无关的厂房。这些都违背了土地流转的真正目的。
此外，对于土地流入主体农业企业、家庭农场及专业合作社等，要实现规模化经营、提高机械化水平，就需要资金配套支持。但在调查中一些调查户反映，融资难，贷款缺乏抵押物，仅靠信用贷款额度小，速度慢，抑制土地流转速度。如泾阳县海普粮食专业合作社反映现在采取靠自身利润，每两年进行一次扩大土地规模的流转，如果有足够的贷款，这种进度就会加快许多。
