然而，受扶持政策不完善、行业标准不健全、监管体系缺失、基础服务缺乏等因素影响，看上去发展得红红火火的植保无人机产业，却面临着重重阻力。
价格高服务弱
与传统植保方式相比，无人机作业率、低成本无疑具有巨大优势，但高昂的价格还是让不少农户望而却步。目前，的植保无人机市场价格在5万～20万元之间，加上保养维护费用，对于农户来说是笔不小的负担。尽管国内许多省份特别是在农业规模化生产条件较好的北方平原地区，已经开始尝试无人机植保，但仅有几个省份将植保无人机纳入了购机补贴范围，如河南省在补贴30%的基础上，按载重药量进行累加补贴，大多数省份的农户购买无人机还是无法获得补贴。
无人机专业操作人员和服务人员数量不足是阻碍行业发展的另一个拦路虎，操作复杂、找不到专业操作手也让许多农户花费巨资购买了无人机后颇为头疼。江西省新余市种粮大户何卫军花了5万元钱买了一台基础型多旋翼农药喷洒无人机，虽然此前已经接受了一周的无人机农业喷洒训练，但他使用植保无人机喷洒了自家的600多亩高标准稻田，全程的操作都是从外面找的“飞手”完成的，自己并没有进行操作。因为“操作不熟练平时不敢飞，怕摔坏了不好处理”。
据了解，国内目前约有300-500家植保无人机生产企业，涉及农用植保无人机的企业有70-80家。由于正处于起步阶段，这些公司整体规模小实力弱，具备完善的研发、生产和服务能力的公司数量更少，在农业植保方面有针对性的创新能力普遍不足。企业售后服务体系建设还不完善，服务能力也有待提高。无人机不同于普通农机产品，平日的维修和保养必须到位，并且对维修人员的技术水平要求也很高。国内大多农用无人机出现故障后需要返厂维修，耗时又耗钱，也限制了无人机的推广和应用。目前，主流厂家都已启动建设各自的售后服务体系，如建设4S店、招募经销商并进行培训做维修保养，同时兼为农民做植保服务。
此外，目前植保无人机的稳定性和可靠性仍不够，还不能满足大规模、连续作业的要求。如电池续航能力弱，导致作业时需要频繁更换电池，使用效率大打折扣。只有续航能力提高到2-3小时以上才能体现出其效率优势，大范围推广应用。药箱容量小，无法满足大面积农田作业要求。
行业法规及标准缺失
近年来植保无人机发展迅猛，但截至目前国内相关部门尚未出台无人机设计、生产、制造的技术标准，更无鉴定标准和植保作业标准。生产企业各自为政，按自己的技术标准生产，导致产品的实际性能和标志性能不一致，带来使用隐患。由于没有统一规范和标准，植保喷洒作业都是根据经验进行。此外，根据我国现有民航法规，民用无人机属于通用航空法规范畴，由于没有关于无人机驾驶航空器适航的法律法规，也产生了现有的植保无人机怎样管理、植保无人机“飞手”需要哪些资质、飞防大队应具有什么样的合法身份、无人机植保作业怎样申报空域、植保作业时怎样实施航管等等一系列问题。
对此，专家建议，要尽早制定我国农业植保无人机产品设计、生产、制造的技术标准，建立产品质量检测标准与质量管理体系；研究制定农业植保无人机飞行作业管理规范与标准，农业植保无人机飞行作业操作人员岗位培训与资质认证体系，实现持证上岗；研究制定无人机航空植保作业质量、防治效果评价和环境风险评估标准规范，促进无人机航空植保产业的高质量、益和可控发展。同时，重视航空植保作业，确定监管机构，健全航空植保准入和运行的监管法规体系，农机监理工作人员对参加作业的飞机及航空植保装备进行资格检查，对训练学习和机具操作人员资质进行定期审核，对参加作业人员进行教育，确保航空植保作业顺利进行。
另据了解，农业部农业机械化管理司目前已经着手开展农用遥控植保机行业标准制定工作，并授权农业部南京农业机械化研究所、农业部农机试验鉴定总站等科研机构、部门组成联合小组对照农用遥控植保机行业初稿数据开展标准数据测试。
