首先，“两权”如何估值还需进一步明确。“两权”估值过低，农民不愿意；“两权”估值过高，则金融机构有风险。农村“两权”由于交易不活跃，缺少流动性，导致估值困难。有些金融机构对于农民住房仅按建材成本给予估值，导致抵押贷款额度过低，挫伤了农民积极性。要确定“两权”公允价格，需试点地区积极发展“两权”交易市场，解决流动性难题，让“两权”财产属性真正显现出来：一方面农民能得到合理的抵押贷款额度；另一方面，金融机构能及时处置抵押物，顺利收回贷款。如此，“两权”抵押贷款才能顺利推进。
其次是“两权”抵押贷款的利率水平难确定。其一，难以参考农村信用贷款利率。作为有财产担保的贷款，其利率水平自然应比无抵押的信用贷款低，但抵押贷款亦具有周期长、风险高的特点，一旦出风险，其带来的损失要远超农村信用贷款，同时处置抵押品亦费时费力耗成本，贷款定价如何覆盖成本，需要金融机构有足够的智慧。其二，难以参考厂房、居民商品住房等抵押贷款利率。工业企业、居民一般具有稳定的现金流，能够支持按期还本付息，因而银行在定价上相对容易。而农业生产面临着周期性强、抵御自然灾害能力差等诸多风险，支持还本付息的现金流并不稳定，同样需要金融机构细加甄别。两个办法中明确由银行业金融机构合理自主确定利率水平。有权有利更有责，金融机构需在试点实践中摸索出行之有效的利率定价方式，使“两权”抵押贷款利率既惠及农民，又兼顾自身发展。
第三，“两权”抵押贷款是新生事物，大量金融机构既缺乏农村网点，又缺少农村信贷经验，直接降低了农民“两权”抵押贷款的可获得性。这就需要政府涉农部门、保险公司、担保机构、村集体、合作社等第三方机构发挥好农村“两权”抵押贷款的桥梁和纽带作用。从浙江宁波等地的试点经验看，金融机构与村集体、合作社等三方机构紧密合作，是提高农民“两权”抵押贷款可获得性的有效方式。
土地、住房是农民最重要的资产，也是发展农业生产的重要物质基础。据测算，目前我国这两项资产价值高达上百万亿元，即使通过“两权”抵押贷款仅唤醒这其中十分之一的资产，就能为进一步推进农业现代化、增加农民收入注入巨大的金融活水。当然，要把好事办好，还须有关部门和机构综合施策，久久为功。
