造成农业人口锐减的主要原因是人口老龄化。日本农业人口平均年龄已高达67岁，随着年龄的增长，许多农户不得不放弃务农。另外，艰苦的劳动环境、没有固定休息日，加之收入不稳定令日本年轻人对农业生产敬而远之。
农业人口的减少只是日本农业面临的困境之一，耕地面积不断缩小也困扰着日本农业。2015年，日本耕地面积为449.6万公顷，较上一年同期减少0.5%。
面对各种难题，日本的农业改革迫在眉睫。为解决日本农业人口不断减少的难题，让更多年轻人参与到农业之中，以企业法人形式进行农业生产是较好的方法之一。2009年日本《农地法》修改后，企业参与农业生产的门槛大大降低，目前约有1000多家日本企业将触角伸向农业。例如日本大型连锁超市永旺，该超市把“农业基地”发展到日本多地，采用先进农业机械，种植大批蔬菜水果，满足了消费者对品种丰富、鲜度高的农产品的需求。
多家企业也在尝试推进农业信息技术的发展。生产农业机械的久保田公司今年年初推出了无人耕作自动驾驶拖拉机，借助全球定位系统确定车辆位置，并根据预先输入的数据，由拖拉机自动控制方向盘和耕作装置，在无人驾驶状态下完成耕种、施肥以及洒农药等工作，期待解决日本农业人手不足的难题。
日本农业协会掌握着日本农产品的生产与流通的命脉，但该协会的大部分成员为兼职农户，拥有农田的平均面积只有约2公顷，无法实现大规模机械化，阻碍了日本农业生产效率的提高。
日本农林水产省发布2015年度日本粮食自给率连续6年为39%，是发达中的。日本农业规模较小，农业生产总值仅占国内生产总值的1％，除了大米以外几乎日本所有农产品都依靠进口，日本农民更是习惯于依赖的保护政策、避免参与国际竞争。日本政府希望未来借助区域自贸协定，将农林水产品以及食品的出口额从2014年6000多亿日元的基础上，扩大到2020年出口1万亿日元，但现实情况很不乐观。分析认为，日本农业未来发展面临着严峻挑战。
