研究表明，除西南区和青藏区外，各大区农业现代化发展均存在超负荷的农业资源环境保障压力(胁迫度>1)。从水资源来看，农业发展对甘新区、黄淮海区、东北区、内蒙古及长城沿线区水资源有较大胁迫。从耕地保有率的5年变化来看，甘新区、青藏区近5年来有一定恢复，黄淮海区、内蒙古及长城沿线区、黄土高原区也有恢复的表现。从面源污染排放来看，黄淮海地区总氮、总磷、COD排放强度居首，农药和农膜的污染也比较大，这既与黄淮海区种养业强度大有关，也与蔬菜、瓜果等经济作物比重偏大有关。华南区及长江中下游区农药使用强度也非常大。
综上分析表明，我国区域农业发展仍然没有摆脱“先发展、后治理”的路子，区域农业发展的主要矛盾为：华南区、长江中下游区的耕地流失问题严重，化学投入品施用强度高;甘新区水资源短缺，地膜残留严重;东北区水资源短缺(但耗水作物水稻增长速度过快);内蒙古及长城沿线区水资源短缺，耕地资源流失较快;黄淮海区种植业、养殖业面源污染严重、水资源短缺;华南区耕地资源流失过快，农业面源污染严重。
在区域种养结构调整方面，一是建议实施“水稻南恢北稳”战略。东北地区井灌区水稻种植面积应逐步收缩，重点提升江河湖灌区水稻集约化水平，提升产品质量;西北地区应大幅度减少水稻种植，未来重点建设长江中下游、西南水稻优势产区，恢复水热资源匹配度较高的华南区水稻种植。
二是实施玉米“稳北控南”战略。针对西南地区多在坡耕地种植玉米、对农业生态造成严重破坏的局面，应采取适当对策，压缩该区玉米种植，转向生态林业、多功能农业。应巩固东北地区春玉米区和黄淮海地区夏玉米区的优势地位，稳定增加专用玉米和饲用玉米播种面积，加强农田基础设施建设，改善排灌条件，大力推进全程机械化，着力提高玉米单产水平。收缩北方半干旱区玉米种植。
三是实施“蔬菜区域均衡”战略。我国人均年蔬菜占有量，蔬菜种植的化学投入品强度远高于粮食。因此，建议调减黄淮海区等蔬菜种植密集区设施蔬菜种植面积和强度，降低面源污染强度;缩减华南区南菜北运面积和规模;巩固西南区冬春蔬菜基地、黄土高原区、甘新区夏秋蔬菜基地，推进标准化、设施化生产，保障蔬菜供应总量、季节、区域和品种均衡。
四是实施“养殖西移北进”战略。我国养殖业高度集中于黄淮海区、长江中下游区、西南区，这些地区人口密集，养殖业面源污染对农业环境、人居环境造成的影响非常明显。未来养殖业布局调整，应实施向东北区、内蒙古及长城沿线区、黄土高原区及甘新区扩散战略。
