首先是粮食问题。粮食是社会发展的最重要基石。目前，越来越多的地区，尤其是像“长三角”“珠三角”这样的超大型城市群，在快速的市场化、城市化进程中，越来越依赖市场、贸易来保障粮食，也就是在依赖外部粮食生产基地来保障本地数千万居民的粮食。但由于粮食生产的利益，机会成本，各个地区包括一些“主产区”很多都无心生产粮食。生产越多，可能赔的越多。这种情况发展下去就会形成一种粮食危机的“囚徒困境”。根据华南师范大学的GADS数据库计算，我国能够长期、稳定地输出粮食的地区主要是黑龙江、吉林等省，山东、河北、河南、安徽等传统“主产区”都面临沙化问题、水源问题和城市化圈地问题，由此导致粮食进口越来越多，对国际市场的依赖程度逐渐加重。基于这种情况，习总书记指示“中国人的饭碗任何时候都要牢牢端在自己手上”。根据统计，2003年以后，中国粮食总产量连续12年增长，但是，大豆、谷物、牛肉、猪肉的进口也在同步增长，这是一个矛盾的现象。若存在着数字的失真，非常容易导致粮食危机突然爆发。由此，就需要进行粮食生产、流通和储备体制的改革，重点应该是改革原来的“主产区、主销区”制度，“主销区”应该努力保护、巩固本地区粮食生产潜力。
第二是食品问题。中国农产品市场日益繁荣，这是市场化改革的一大成就。但是与此同时，食品问题日益暴露，严重威胁到城乡居民的健康。这说明数量上的丰裕与繁荣，并不能替代质量上的。目前，各地小规模、细碎性的“承包户”承担了中国农业生产的主要任务，由于市场利益驱动、技术水平参差不齐和生产信息不对称，这些“承包户”很容易以非方式生产谷物、生猪、肉鸡、鸡蛋、鱼、蔬菜等农副产品，导致食品中农药、除草剂、、激素等严重超标。而较大规模的农场、养殖场，同样在利益的驱动下，也可能利用信息不对称，采用各种非手段，以扩大规模、占领市场、增加利益。由此，农产品供给侧的确存在一种非的生产机制。北京等地的“社区支持农业”（CSA）模式就是在这种背景下方兴未艾的。但是这种方式显然难以推广。所以，如何实现食品是农业供给侧结构性改革面临的棘手问题。仅仅靠加强监管、比如建立食品追溯制度是不够的，在利益的驱动下，生产者、经销商总是有机会“道高一尺魔高一丈”，逃避各种监管。关键还是要在生产侧把分散的农户组织起来，强化标准，规范管理。同时建立农户与居民之间的互动和信任，逐渐形成生产者的自律。农业生产侧实现了，食品才有坚实的基础和保证。
第三是农业资源的可持续问题。农业资源，包括耕地、山地、水面、物种，是农业最重要的自然基础。农业资源，才会有粮食、食品。但是在中国的市场化进程中，多年的掠夺性开发已经导致各地的农业资源、农业生态环境出现严重问题。耕地、水源的农药、化肥、除草剂、等污染严重，还有工业废水污染、工业废气污染，这是非常危险的趋势。其危害还不仅仅是危及粮食，对城乡居民的健康、生存都会构成严重威胁。在最近召开的中央农村工作会议上，农业部部长韩长赋坦陈：“我国农业资源长期透支、过度开发，资源、环境两道‘紧箍咒’越绷越紧，拼资源拼投入的传统老路已经难以为继。”为此，中央提出了“绿色生态发展”的新概念、新方向。但是应该如何实施“绿色生态发展”？这就需要各个地区进行深刻的制度反思、政策反思和和路径创新。一方面需要加强乡村的总体规划和农地“用途管制”，遏制趋利性农业的掠夺性、无序性、破坏性。积极探索集体经济、合作社的整体性发展道路。另一方面需要在技术、资金上帮助各个村集体经济组织，统一行动，修复被面源污染严重破坏的村庄生态环境。
北欧的挪威、瑞典、芬兰一直是幸福指数的，其最显著的标志不是现代化的高楼大厦，不是网络、飞机、汽车等现代用品，而是无边无际、生态环境异常良好的乡村田畴、山峦、草地、水面。它们作为这些发达的典型的农业供给侧，不仅供给了丰富、的奶酪、牛肉、鱼类等农产品，还有洁净的空气、水源和风景如画的乡村自然风光。这对我国各地农业供给侧结构性改革颇具启发意义。
