在农业面源污染中，畜禽养殖又是的来源。2010年公布的《次污染源普查公报》显示，畜禽养殖业排放的化学需氧量(COD)达到1268.26万吨，占农业源污染物COD排放量的96％；氮和磷污染的排放量为102.48万吨和16.04万吨，分别占农业源污染物氮排放总量和磷排放总量的38％和56％，畜禽粪污成为农业面源污染的来源之一。
人大代表、北京市科委主任闫傲霜在向十二届人大五次会议提交的《关于加快推进畜禽养殖废弃物处理和资源化的建议》中写道，畜禽废弃物处理和资源化利用工作虽然取得了一些成效，但与中央的要求、群众的期盼相比仍有较大差距，实现畜禽粪污能源化、肥料化利用还面临不少困难。
农业部农村经济研究中心可持续发展研究室副研究员金书秦告诉《华夏时报（公众号：chinatimes）》记者，2013年11月，经李克强总理签批，国务院颁布了《畜禽规模养殖污染防治条例》（以下简称《条例》），这是我国在农业污染治理领域的首部法规，具有里程碑的意义。
但是，2016年以来，金书秦专门针对《条例》的执行情况在多地进行了调研，发现《条例》中有两条非常关键的激励措施没有落实到位，影响了畜禽废弃物资源化利用。
个问题，是有机肥生产享受农用电价的措施没有落实。《条例》第30条规定，畜禽养殖场、养殖小区的畜禽养殖污染防治设施运行用电执行农业用电价格。但在现实中，许多地方并未将有机肥生产纳入污染防治范围，有机肥生产电价执行的是工业或商业电价，这大大增加了有机肥的生产成本。
他表示，有机肥生产享受农用电价既合法，又合理。一方面，有机肥生产既是重要的污染治理行为，其产品也是为农业所用，无论从污染防治、还是支持农业的角度来讲，有机肥生产都应该执行农业电价；另一方面，过去在鼓励化肥使用时，化肥生产享受农业电价优惠，当前推进有机肥替代化肥，化肥的电价优惠取消了，这部分优惠理应由有机肥来享受。
“发改委应保障畜禽养殖场、养殖小区的粪污资源化利用设施运行执行农业用电价格。”闫傲霜也表示。
第二个问题，是沼气发电上网并获得可再生能源补贴的措施没有到位。《条例》第31条要求，电网企业应当依照法律和有关规定为沼气发电提供无歧视的电网接入服务，并全额收购其电网覆盖范围内符合并网技术标准的多余电量。然而，在现实中，养殖场经常被以“技术标准”之名拒绝入网，从而得不到发电上网的收益。
据了解，多数畜禽养殖企业沼气发电机组功率为20——500千瓦，企业发电自己仅用在照明取暖及饲料加工等用途，普遍存在用电盈余现象。即使将富裕电量免费提供给附近的村民使用，也存在输送线路建设成本的问题。
“畜禽粪污能源化利用产生的气、电成本较高，政策性补贴低，与天然气、大电网相比缺乏竞争力。生物天然气并入城镇管网、沼气发电上网等方面面临体制机制上的障碍，大部分沼气、沼气发电仍以规模养殖场自用和周边农户使用为主，商业化、产业化运行规模较小。”闫傲霜表示。
她建议，对沼气、生物天然气、沼气发电、有机肥、沼肥等，应该确保出台的税收、补贴以及全量并入天然气管网电网等优惠政策落实到位。建议由发改委进一步完善沼气发电上网补贴政策，并参照沼气发电上网补贴方式，大力研究并落实对生产沼气和提纯生物天然气用于城乡居民生活予以支持的政策。
“沼气发电上网或许在技术上会带来一些额外成本，但不应成为上网的障碍。”金书秦说，他曾经长时间在荷兰学习和生活，在荷兰，为了鼓励可再生能源，哪怕家里就装一块太阳能(14.470, -0.23, -1.56%)板，也能上网并获得补贴。
在他看来，当前党中央国务院高度重视畜禽粪便资源化利用、人民群众热切关心农业面源污染治理，沼气和有机肥作为畜禽粪便处理的最重要途径，不能只算经济帐，还要算环境帐，更要算政治账。应该立即将有机肥生产纳入污染治理和农业生产范畴，执行农业电价，尽快落实养殖户沼气发电余量上网和电价优惠政策。
