1土地流转不规范，缺乏约束
虽然土地流转早就存在，然而目前土地流转的程序并没有统一的规范。农村土地流转普遍存在“三多三少”现象，即亲戚朋友流转的多，专业大户流转的少；转包、出租或代耕的多，转让的少；口头协商多，文字协议少。由于农村土地流转不受约束，比较主观和随意，存在很多的不确定因素，很容易出现矛盾。此外，土地流转持续的时间比较短，很少有能够超过一年流转时间期限的。土地流转较多流于口头程序，村民没有签订合同的习惯和认知，而且很多流转都发生在在熟人、亲戚、朋友之间进行，没有通过市场交易，碍于人情世故，很难进行约束，走程序更是无从谈起。对于这种现象，当地政府也视而不见，大多数流转土地的农民对法律知识不熟悉，在后期出现纠纷时，最终受到伤害的还是农民自己。
2土地流转纠纷重重
在村民之间的土地流转很少签订合同，为后期流转纠纷埋下隐患。这样的土地流转的利益关系不确定，权利和义务也没有明确规定；在土地流转过程中，双方没有完善的利益协调机制和协调中介，受到经营风险及市场变化的限制，利益纠纷难免；在大部分农村地区，村干部忽视村民的权益，对土地流转经营制度不重视，为了尽快加强新农村建设，片面强调经营规模，严重的甚至侵害到村民的正当利益，还有的农村不顾及当地的实际困难和问题，盲目追求流转目标及任务，没有从村民的利益出发，强行促进土地流转，必然也会产生纠纷。
有的农村在进行土地流转时，改变了农耕土地的使用方法。例如，很多农耕用地被挖成鱼塘，或者种植树木；有的搞非农建设，建企业、厂房或者民用住宅，这些都没有严格遵守的土地流转政策，违背了农民的意愿。此外，在经济增速放缓、下行压力大的环境下，经常出现承包人因资金链断裂合同违约，群众利益得不到保障，诱发上访甚至集访现象发生。
3土地流转规模小、效益低
很多大型企业和种植大户希望进行土地大规模利用和经营，但很多市场上交易的土地都比较零散、规模小。大部分小规模的土地都在散户间流动，小规模承包，很少向大户经营者流动。这样就限制了土地流转的期限和集中程度，小规模的土地流转不利于机械化生产经营。农业用地的市场价值得不到体现，受益很低。此外，在土地流转过程中，租金的确定各地有很大的差距，这基本上取决于合同双方的简单约定，没有固定的市场价格可言。时间较短的土地流转一般用实物支付，时间较长的用现金支付。
4土地承包经营权不完善，农民认识模糊
在农村，农民生活的最基本的保障就是土地，这也是其重要的生产生活资料，这种对土地的依赖性在经济欠发达地区表现更为明显，由于他们对土地根深蒂固的情结，担心土地流转后自己的收益，对土地流转产生抵触情绪，有的甚至抛荒也不敢流转给其他租户，导致撂荒、遗弃土地的现象不断增加。在这些经济不发达的农村，很多农户处于传统的生产经营阶段，由于传统观念的限制，他们担心自己的土地承包权被剥夺导致失去保障，客观上制约了土地流转。尤其是目前农村社会保障制度还没有完全建立起来，不能解决农民的后顾之忧，农民长期以来形成的对土地的依附性仍将长期存在。
