农村土地流转的主要问题，包括以吸引投资、建设工程为名，强行推动大规模流转，违背了部分农民意愿;土地流转机制不健全，出现了流转土地随意变更用途和“非农化”现象;土地流转市场不完善，农民的土地流转收益得不到有效保障等等。所有这些，都在一定程度上影响和制约了农村土地流转的健康有序进行。
笔者认为，在推进农村土地流转中必须突出农民的主体地位，任何组织和个人既不能包办代替、替农民作主，更不能以任何理由搞强迫命令，违背农民意愿，损害农民土地权益。
首先，要充分尊重农民意愿。在某种程度上说，土地流转是农民对事关其生存底线的土地权利的一种有偿让渡。这种有偿让渡必须建立在保障农民权益的前提下进行，否则就会损害农民利益，甚至给农户生存带来不必要的风险。因此，在土地流转中必须把遵循农户自愿作为首要原则，土地是否流转、价格如何确定、形式如何选择，均应由农户自主决定，乡镇政府和村级组织不得以任何理由强行推动流转。凡是出现违背农民意愿的土地流转行为，都应坚决制止和及时纠正。
其次，要限度保障农民利益。土地流转的主要目的之一，就是让农民从土地流转中获得更大利益、增加收入，但工商企业等经营主体租赁经营土地的目的也是为了获取收益，这就势必造成双方在土地流转价格上进行博弈。相对而言，工商企业等经营主体是强势方，而单个农户则是弱势方。限度保障农民利益，一方面需要研究出台相关法律规定，如建立准入制度，严格资格审查、项目审核，提高防范风险能力;建立约束制度和保障金制度，防止擅自改变土地用途，防止土地质量遭受不可逆转的伤害，防止拖欠、压低农民土地流转收益等;另一方面还要增强农民在土地流转谈判中的博弈能力和话语权，使农民真正成为平等的参与主体，并限度维护其权益。
再次，要及时回应农民诉求。农民与土地之间的关系是农村最重要的经济关系，也是最重要的政治关系。在农村土地流转中，任何组织和个人都不能忽视农民的存在以及他们的利益诉求，特别是农村中特殊群体的需求。比如有些中老年农民，已经习惯了传统的农业生产模式，对他们而言，土地不仅意味着收入来源，还意味着是一种生活方式、一种情感牵挂。对于这些群体，不能仅仅从经济角度考虑，必须高度关注和及时回应他们的关切和诉求，充分尊重其意愿。随着土地流转面积的不断扩大，要通过完善相关法律规定，落实农民在土地流转中的知情权、参与权、表达权和监督权;通过建立公平公正、科学规范的制度平台，让广大农民有机会与基层干部以及流入方等其他利益相关者进行理性、平等的协商，努力达到各方认可、公平均衡的协商结果。
土地流转的主体是农户，土地流转的导向是市场。无论在什么情况下，土地流转都要坚持以农民为主体、政府扶持引导、市场配置资源的原则，自愿、有偿、依法进行，任何组织和个人都不能用行政手段强行推动土地规模经营，更不能把农民流转土地作为进城落户的硬性条件。
要深刻认识我国的基本国情和农业发展现状，牢牢把握好农村土地流转、规模经营的“度”，坚持与当地新型城镇化进程相适应，与农村劳动力转移规模相适应，与农民的接受程度相适应，鼓励和引导农民把土地向规模化经营的农民专业合作社、家庭农场、种植大户和农业龙头企业流转，以释放更为丰厚的改革红利，让广大农民成为土地适度规模经营的积极参与者和真正受益者，使土地流转的主动权牢牢掌握在农民自己手里。
