监测数据显示，我国耕地土壤结构性问题主要表现为耕层变浅，板结问题较为突出。有65.5%的监测点耕层厚度较浅，其中上海、江苏、广东等省（市）耕层平均厚度低于18厘米，而适宜作物生长的耕层厚度在20厘米以上。有25.9%的监测点土壤容重大于适宜作物生长的标准，土壤孔隙少、孔隙度小，板结现象较为严重。其中北京、天津、河北、河南、山东等省（市）土壤容重较高，土壤板结问题相对突出。
从养分指标看，耕地土壤有机质、全氮、有效磷和钾养分含量整体提升，中量元素和部分微量元素含量水平较低，区域性土壤酸化问题日益显现。此外，2016年首次对土壤健康状况进行监测。总体来看，除个别地区镉含量超过土壤环境质量二级标准，绝大部分耕地土壤处于健康状态。
随着农业绿色生产方式的推进和《耕地质量调查监测与评价办法》出台，与往年相比，2016年监测工作表现出三方面变化。首先是扩大了点位数据，在以往357个监测点的基础上扩大到850个，涵盖43个主要耕地土类，年度监测数据增加2万余个。其次是拓展了养分指标。在继续监测有机质、全氮、有效磷和钾等指标的基础上，拓展监测了反映土壤养分持续供应能力的全磷、全钾指标，以及与农产品产量和品质密切相关的中微量元素指标。三是增加了健康指标。首次监测反映土壤健康状况，与农产品质量相关的重金属指标，并采用土壤环境质量标准评价健康状况。
