这次修改的内容主要体现在以下几点：
首先，修改后的条例规定“保障农民专业合作社享有与其他市场主体平等的法律地位”。
这一点极大的保护了农民专业合作社及成员权利，做到有法可依。比如，修改内容中所言：“农民专业合作社可以依法向公司等企业投资”，正是市场中一般企业重要的市场特征的体现，是保障农民专业合作社享有与其他市场主体平等的重要体现。
第二，关于出资形式，修改中又做了放宽：“农民专业合作社成员可以用土地经营权、林权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产出资”。
也就是说，只要符合章程规定、全体成员认可、符合法律和行政法规规定就都可以。这点明确了成员可以用土地经营权等财产作价出资，体现了出资的多样性，进一步强化了对农民专业合作社及其成员的权益保护措施，增加了对农民专业合作社的扶持措施，有利于提高农户投资的积极性。
第三，新法对成员新入社和除名、盈余分配，以及法律责任等内容的有关条款作了修改完善，还对成员除名情形程序予以完善，规定了：
“农民专业合作社成员不遵守农民专业合作社的章程、成员大会或者成员代表大会的决议，或者严重危害成员及农民专业合作社利益的，可以予以除名。”
“成员的除名，应当经成员大会或者成员代表大会表决通过。”
“在实施前款规定时，应当为该成员提供陈述意见的机会。”
“被除名成员的成员资格自会计年度终了时终止。”
第四，增加了一章“农民专业合作社联合社”。
农民专业合作社按照自愿、平等、互利的原则设立联合社，是各国合作社发展的普遍做法。目前我们已经有农民专业合作社联合社7200多家，涵盖农民专业合作社9.4万多个，带动了农户超过560万户。
联合社的发展不仅增强了专业合作社的发展能力，更推动了农业规模化经营，加快了现代农业建设步伐。目前已经有14个省区市对联合社的注册登记作了原则规定，由于过去缺乏上位法的依据，一定程度上影响了联合社的发展，所以这次新修改的农民专业合作社法增加了“农民专业合作社联合社”一章，对联合社的成员资格、注册登记、组织机构、治理结构等作了规定，法律规定三个以上的农民专业合作社在自愿的基础上可以出资设立农民专业合作社联合社，依法登记后取得法人资格，登记类型为农民专业合作社联合社。
修改中增加了联合社理事长、理事应当由成员选派的人员担任的内容；明确农民专业合作社联合社的成员大会选举和表决，实行一社一票。
这一点有利于规范农民专业合作社的组织和行为。为完善农民专业合作社的法律制度，进一步鼓励、支持、引导农民专业合作社的发展提供了条件。
第五，取消同类限制，扩大法律调整的范围。
为适应各种类型的农民专业合作社并行发展，专业化基础上向综合化方向发展的趋势，以及农民对各类合作社提供服务的需求日益多元，不局限于同类农产品或者同类农业生产经营服务的范围，新的农民专业合作社法取消了有关“同类”农产品或者“同类”农业生产经营服务中的“同类”的限制，扩大了法律的调整范围，同时以列举的方式明确农民专业合作社经营和服务的业务范围。
第六，进一步规范农民专业合作社的组织和行为。
为更好地发挥法律对农民专业合作社规范发展的引导作用，这次法律修改在规范农民专业合作社的组织和行为方面做了一些补充和完善，比如明确规定农民专业合作社连续两年未从事经营活动的，吊销其营业执照，专业合作社应当按照有关规定向登记机关报送年度报告，并向社会公示。另外，对法律责任等有关内容也做了补充和完善。
这些修改极大的保护了农民专业合作社及其成员的权利。
