2016年12月，经国务院同意，财政部和农业农村部(原农业部)联合印发了《建立以绿色生态为导向的农业补贴制度改革方案》。方案明确，在确保粮食和农民收入稳定增长的前提下，突出绿色生态导向，将政策目标由数量增长为主转到数量质量效益并重上来。
三年来，中央财政从制约农业可持续发展的重点领域、关键环节入手，初步构建了以绿色生态为导向、促进农业资源合理利用与生态环境保护的农业补贴政策体系和补贴制度，有力地助推了农业供给侧结构性改革。
改革理念——以绿色生态为导向
促进农业绿色发展正成为财政支农政策设计和实施的出发点和落脚点。在粮食等重要农产品收储制度改革中，遵循“市场定价、价补分离”的思路，东北建立起玉米大豆“市场化收购”加“生产者补贴”的新机制，新疆实施了棉花目标价格补贴改革试点。通过改革，在建立农产品价格市场形成机制的同时，也调整优化了农业种植结构，水土资源得到合理配置。东北大豆种植恢复性增长，非优势区玉米面积适当调减，新疆次宜棉区逐步退出棉花生产，改变了多年无序扩张发展的状态，生态环境得到有效保护。
在农业“三项补贴”改革中，将种粮直补、良种补贴和农资综合补贴“三补合一”，支持方向调整为支持耕地地力保护和粮食适度规模经营，鼓励各地创新补贴方式方法，引导农民采取秸秆还田、深松整地、科学施肥用药、推进病虫害统防统治和绿色防控等综合措施，稳步提升耕地地力水平。
在渔业油价补贴政策改革中，通过调整优化补贴方式，财政补贴与用油量彻底脱钩，并用5年时间，将国内捕捞业油价补贴降至2014年补贴水平的40%，使国内捕捞渔船数和功率数进一步减少，捕捞强度得到有效控制。同时，腾出资金加大近海捕捞渔民减船转产、海洋牧场补贴力度，促进水生生物资源养护。
增量倾斜——加大生态资源保护补贴投入
强化耕地、草原、渔业资源等重大生态系统保护利用，是农业补贴改革的一个重点方向。
对于耕地资源，中央财政通过支持测土配方施肥、农机深松整地等，稳步提升地力。在东北，黑土地保护试点稳步扩大。2016年起，中央财政有力有序推进耕地轮作休耕制度试点，试点面积由2016年的616万亩增加到2019年的3000万亩。在东北地区、黄淮海地区和长江流域，支持开展了玉米大豆、水稻油菜等轮作试点。在地下水漏斗区、重金属污染区、西南石漠化区、西北生态严重退化地区，支持实施了休耕试点。通过轮作休耕，实现了用地养地结合。为了保证试点政策有效落实，农业农村部强化了信息化管理手段。“轮作耕地四至数据信息全部上传，上级部门利用卫星遥感技术进行监测。轮在哪里，轮了多少，全部上图，一目了然。”内蒙古阿荣旗农技推广中心主任平翠枝介绍。
对于草原资源，启动实施新一轮草原生态保护补助奖励政策，扩大了实施范围，提高了补助标准，中央财政对履行草原禁牧和草畜平衡义务的牧民分别按照每年每亩7.5元、2.5亩的测算标准给予补助。草原生态补助奖励政策实施以来，甘肃省瓜州县锁阳城镇东巴兔村已经退化的草原又焕发了生机，漫天风沙不见了。“我们拿到政府奖补的1万多元发展规模化养殖，草原越来越绿，养殖收益也增加了。”农牧户解朝明坦言道，补奖政策既考虑草原生态保护，又兼顾生产发展和民生改善，构建了“草原增绿、牧业增效、牧民增收”的共赢局面。
对于渔业资源，中央财政支持在流域性大江大湖、界江界河、资源退化严重海域等重点水域开展渔业增殖放流，促进恢复或增加渔业种群的数量，改善和优化水域的渔业种群结构。2018年起，中央财政又采取一次性补助与过渡期补助相结合的方式，对长江流域重点水域禁捕工作给予支持，促进水生生物资源恢复和水域生态环境修复。
加大农业生态环境突出问题治理力度，是农业补贴制度改革另一个重点方向。为了实现“一控两减三基本”的目标要求，结合农业绿色发展“五大行动”，中央财政启动了一批重大项目。
2016年，在环京津冀生态一体化屏障重点区域，启动实施农作物秸秆综合利用试点，2019年试点范围扩大到。试点坚持农用优先、多元利用，激发秸秆还田、离田、加工利用等各环节市场主体活力，探索秸秆综合利用技术路线、模式和机制。在安徽省阜南县，秸秆收储点遍布全县，秸秆产业成为助推农业转型升级、百姓增收的“香饽饽”。阜南中益农业科技有限公司是该县秸秆肥料化发展的主力之一，每年消化秸秆12万吨，产出有机肥。技术专家刘有为介绍道，“经常使用化肥的土壤，会出现结构板结，这种有机肥可以有效改善土壤结构，明显降低土壤重金属含量。”
2017—2019年，累计支持585个畜牧大县整县推进畜禽粪污资源化利用，实现了畜牧大县粪污治理全覆盖。项目按照政府支持、企业主体、市场化运作的原则，以就地就近用于农村能源和农用有机肥为主要利用方式，支持新(扩)建畜禽粪污收集、利用等处理设施，以及区域性粪污集中处理中心、大型沼气工程，实现规模养殖场全部实现粪污处理和资源化利用，形成农牧结合种养、循环发展的产业格局。
在西北，支持建设100个地膜回收示范县，推动治理“白色污染”。近年来，甘肃省以地膜回收利用项目为抓手，积极推动地膜回收加工企业及回收网点建设，逐步构建起布局合理、运行有效的农膜回收加工一体化模式，有效改善了农村人居环境。
在推动化肥农药减量方面，实施果菜茶有机肥替代化肥行动，集中推广堆肥还田、商品有机肥施用、沼渣沼液还田等技术模式；支持农作物病虫害专业化社会化统防统治服务，减少农药使用。在江苏省常州市武进区雪堰镇，当地为引导农民使用绿色农药，开展了绿色农药补贴。果农徐建根向记者出示了形似银行卡的识别卡，高兴地说，“奖励政策很好!结算时直接扣除了奖励金额，剩下的部分我们另付现金，很方便，我们逐渐喜欢上使用绿色农药。”
此外，还以河北省黑龙港流域为重点开展地下水超采综合治理，推进农业水价综合改革；以湖南省长株潭地区为重点，连续支持开展重金属污染耕地综合治理……
创新方式——探索绿色发展的有效补贴模式
为了建立农业绿色发展的可持续机制，中央财政不断深化补贴改革，探索有效模式。
聚焦制约农业提质增效和绿色发展中的突出短板，聚焦解决农业生产普遍存在的关键环节、薄弱领域问题，启动了农业生产社会化服务试点。补贴资金重点支持作业成本高、短期效益不明显、群众积极性不高的环节，支持外部性特征强、单个农户作业效果差的环节，支持资金投入量大、技术难度高，单个农户做不了的现代农业技术集约运用环节，从而促进生态友好型农业发展。通过试点示范，服务范围从小规模分散向大规模整建制转变，生产方式从资源消耗型向集约型转变，提高了农业生产效率，也促进了农业生态环境的改善。
为了使绿色生态转化为经济效益，还实施了一批以健全完善绿色农业产业链为重点的政策项目。高产创建转型升级为重点作物绿色高质行动，突出粮棉油糖大宗作物，集成推广“全环节”绿色高质技术模式，增加绿色优质农产品供给。实施绿色循环优质特色农业促进项目，助推形成了一批以绿色优质农产品生产、加工、流通、销售产业链为基础，集科技创新、休闲观光、种养结合的农业产业集群。实施地理标志农产品保护行动，一批特色鲜明、具有发展潜力、市场认可度高的地理标志农产品得到保护提升，市场影响力显著提升。
三年来，践行“绿水青山就是金山银山”的理念，一系列以绿色生态为导向的补贴制度形成政策叠加效应，推动农业发展不断向“绿”向好。随着补贴改革的深入推进，绿色生产方式逐步建立，产业结构不断优化，优质、、特色的农产品供给日益丰富，农业绿色发展实现了生态效益、经济效益、社会效益的“三赢”格局，为助推农业供给侧结构性改革，实现乡村振兴添上浓墨重彩的一笔。
