（1）观念和宣传问题 保护性耕作是否适合我国国情，一直有争论。部分人认为保护性耕作不适合在我国推广，认为保护性耕作降低产量、不适合中国人多地少的国情，只能实行精耕细作、不断深翻、深松、中耕；保护性耕作需要大量除草剂，农民用不起，同时污染环境；我国管理人员、科技工作者和农民头脑中的传统观念，加上缺乏科学的引导，试验示范和宣传力度不够，都严重影响和制约着保护性耕作的推广和应用。
（2）推广地区与规模问题 我国开展保护性耕作的地区范围和规模大小还没有确定，进而影响到相应的资金和技术支持及政策制定。在规划保护性耕作的区域范围时，土壤侵蚀严重的地区要优先，增产增效显著的地区要优先，容易实现规模化经营的地区要优先。
（3）配套机具问题 保护性耕作技术与传统耕作相比更加依赖农业机械，且保护性耕作对农机的质量和使用技术都有较高的要求。国外使用的配套机具，不适合我国小地块的羿农704拖拉机国情，而我国对保护性耕作相应的机械研究突破较小，存在保护性耕作机具不配套，缺乏不同作物专用配套机具，已有机具播种精度不高，播种质量差，致使出苗不齐等方面问题，从而影响了保护性耕作的应用和推广。
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