有关秸秆燃烧问题：
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回收与仓储
秸秆利用的难点就是回收仓储的成本，即“从田间到产品”这一过程所需要投入的钱。收购成本主要由机器投入、人力成本和运输成本几方面组成。想让农民自己把秸秆打包送上门，基本不现实。
所以秸秆回收都是企业自己下力气，购置粉碎机、抓草机、打捆机，还要搭建简易场地和棚库，需要一次性投资20万元左右，多个地区就得数个20万托底。而且农村的土地并非都是规模化的，大多数地区还是东一块西一块很分散，加上地形的因素（山地丘陵地区），有机器也不好使。在运输过程中，远距离运输一定是不经济的，但是秸秆消耗的资源大户都是有区域距离保护的，比如生物质发电厂原则上100KM范围内只会有一家。根据实践情况反馈，集中运输距离在50KM内才不怎么亏本，毕竟汽油费年年在涨。50KM半径范围内究竟能有多少原材料供应呢？毫无疑问，难以满足需求。
四处收购回来后又面临两个问题，存放场地和防火防腐。场地只能靠政策来协调，毕竟面积比较大；仅凭企业自己掏钱租赁或购买地皮那就干脆别开厂了。仓储方面，北方的难度其实没有南方大，南方雨季很容易使秸秆受潮，就需要再投入不小的成本。
成本的问题是所有秸秆资源化企业面临的的问题之一，目前存在的多数企业都是靠仅有的补贴艰难度日，甚至有些企业就是骗取补贴而存在的。而且，即使解决了回收的的问题也还存在诸多执行方面的细节问题。
预处理
秸秆最重要的预处理就是去掉其中的水分。以产量的麦、稻秸秆来说，有些地方只种一季，且收割期气候少雨，那么可以在地里干燥到含水率低于25%后再收，这样的秸秆很受欢迎，不管是做饲料还是秸秆煤，都很好处理。而有些地方要种两季以上，收割期限不允许长时间把秸秆放在地里，必须处理掉，这种情况下秸秆含水率常高达60%，用非自然的手段去掉水分，代价很大，这样的秸秆，用途就小多了，所以苏南是以粉碎还田为主。秸秆压缩后体积可以变为蓬松状态下的20到30分之一，从田间地头收上来之后，必须压实运输。但从田间收上来之前，聚零为整的过程很大程度上还是要依靠一部分人力的，代价比较大。虽然有打捆机，但如果打捆的是鲜秸秆，含水率高的问题还是无法解决，会导致大量无用的水，含在秸秆里被运输，划不来。
直燃发电
直燃发电的主要问题是秸秆燃烧后锅炉会结渣、秸秆中的碱金属会腐蚀锅炉等，而且秸秆的种类、秸秆的含水量等都会对锅炉的运行有很大的影响。在秸秆回收的过程中，也是有那么几个不厚道的农民直接往秸秆里面泼水，甚至有的直接在里面塞石头，这无疑是锅炉的威胁和隐患。技术方面都没有完善再加上人为的使坏，难怪说现在的直燃发电项目都在亏损呢。
直燃发电只是一项技术，要想将此技术转化成生产力，那动辄几亿的项目建设成本对于多数地区来讲仍是一个问题。且大多数南方地区根本不适合电厂的建设，我国目前90%的生物质发电项目都集中在长江以北，尤其是山东、江苏、安徽、黑龙江、河南几省已占了的76%，主要以北方的玉米秸秆为原料。
沼气池的麻烦
秸秆含有纤维素、半纤维素等聚合物，难以迅速被降解。秸秆在厌氧发酵产沼气之前，需要进行预处理，一般是以氢氧化钠溶液预处理或者生物与处理为主。预处理后的秸秆需要经过20-50天不等的发酵才能充分地把秸秆中的有机质转化为沼气。2015年我国农村沼气用户约为5000万户，但几乎都是以畜禽粪便为原料。凡是最初用秸秆为原料的基本都废弃了。根据网媒报道：陕西某一个村建了八口沼气池，只有一口在使用；一个县建了1万2千口沼气池，一多半都闲置。农民们还是比较嫌麻烦的，沼气池里的肥水比例控制起来就是个麻烦，池中的废渣清理也是个麻烦。南京农业大学农业资源与生态环境研究所所长潘根兴曾说道：“在东北等寒冷地区，沼气只能在气温高的季节才能生产，而在江浙一带相对湿热又相对富裕的地方，谁会愿意每天围着一个臭沼气池转，每天把里面的东西掏进掏出呢？”那个味道也不摆了。还有一个不能忽略的问题：现在的农村人都进城了，牲口都不养了，沼气池也就闲置了，那被视为废物的秸秆…
还田也不靠谱
一年两季的农时很紧的情况下，大量的秸秆还田，根本不能将自身分解变成腐殖质。那些不完全破碎的秸秆会让新苗都无法生根于土壤中，只能长在秸秆上成为“吊死苗”，导致无法生根、吸水、汲取养分。秸秆在分解过程中使得碳含量明显升高，土壤就缺氮，若不及时补充施氮肥会和新种的庄稼争抢土壤中氮，使得庄稼长不好，施氮肥的成本必然增加。因为秸秆粉碎还田之后有保温的作用，所以地下和秸秆本身所带的虫卵就不会被冬季的低温冻死，到来年春天就会加重除虫害的负担。这种情况下又不得不多大农药，无疑又增加了农药的成本。
而农民首要担心的问题就是成本，且秸秆还田需要多加两道程序，一是把秸秆粉碎，二是要把土地深耕，将秸秆埋在地下，目前普遍采用的是浅耕，因为玛丽亚大蒜收获机深耕的费用要高一些。据央视报道，粉碎一遍30元，粉碎两遍50元，如果再深翻一次，40元到50元，这两道程序下来也就是100块钱。今年一亩地玉米产量1000斤左右，按照今年的市场价只能卖800多块钱，耕地、种子、化肥成本已经花费了300元，如果在秸秆还田的话又要增加100元的成本。
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